La Facultad de Ciencias comienza sus actividades en el año 1972 dentro de la recién creada Universidad de Córdoba. Son los estudios de Ciencias Biológicas los que inauguran la Facultad, aunque en su inicio quedan ligados, como Colegio Universitario, a la Universidad de Sevilla; y no será hasta el año 1975 cuando, parejo a la creación de las secciones de Química y Biología, se produzca la separación definitiva de Sevilla.
El resto de las titulaciones que constituyen la Facultad de Ciencias se han ido incorporando a lo largo de los años como resultado de la creciente demanda de la sociedad cordobesa. De esta forma, en el curso 1992/93 se hace realidad la implantación de la Licenciatura de Bioquímica, seguida en el curso 1995/96 por las licenciaturas de Física y Ciencias Ambientales.
La ubicación de la Facultad de Ciencias es un rasgo que ha modelado su carácter y que ha incidido de manera importante en su desarrollo. En los inicios de su andadura fue instalada en los sótanos y módulos prefabricados de la Facultad de Veterinaria, como una medida transitoria, no siendo hasta 13 años después cuando la Facultad de Ciencias adopta un edificio propio (curso 1985/86), debido a la creciente demanda de espacios y servicios, así como al creciente aumento del número de alumnos.
La nueva ubicación de la Facultad de Ciencias ayudó a su consolidación y a la creación de un Centro con proyección e imagen con características propias. Esta situación se mantiene hasta el curso 1999/00, fecha en la que se produce el traslado al Campus de Rabanales.
El traslado de la Facultad de Ciencias al Campus de Rabanales modificó la estructura organizativa del centro. Este Campus no presenta la estructura tradicional de otros campus universitarios cuya base de organización son los Centros; en Rabanales la distribución se realiza por departamentos que, a su vez se agrupan por afinidades en los distintos edificios.